• składnika cukrowego
• reszt fosforanowych
• nukleozasad

Składnik cukrowy stanowi szkielet całego dna. Elementami tego szkieletu są reszty 2-deoksyrybozy połączone ze sobą w polimer. Szkielet cukrowy znajduje się na zewnątrz helisy DNA i stanowi jego część hydrofilową.

Reszty fosforanowe stanowią rodzaj linkera, czyli elementu łączącego ze sobą reszty cukrowe poprzez wiązanie fosforodiestrowe.

Adenina Guanina

Jest to ważne z tego względu, że DNA w jądrze komórkowym jest ciągle trawione i odtwarzane. Gdyby takie zmodyfikowane DNA różniłoby się od naturalnego proces ten mógłby zostać zatrzymany a co za tym idzie mogłoby dochodzić do niekorzystnych niechcianych przez nas przemian wewnątrzkomórkowych.
Skoro omówiliśmy sobie już, jakie warunki powinna spełniać taka zasada ogólna powiedzmy teraz o tym, jakie klasy związków i jakie modyfikacje mogą kwalifikować się do "zasad ogólnych".

Proste modyfikacje naturalnych nukleozasad
Wytwarza się takie związki, które będą naturalnymi nukleozasadami, lecz odrobinę zmodyfikowanymi, np. w podstawniki halogenowe i inne typu tlen zastąpiony siarką. Taką znaną i już stosowaną modyfikacją jest guanina, w której zmieniono grupę metylową na atom fluoru a tlen grupy karbonylowej zastąpiono siarką,

Naśladowanie kształtów (budowy) naturalnych nukleozasad
Ma to swoje odbicie w tym, co powiedziane zostało przed chwilą. Syntezuje się takie związki, które będą miały podobny rozkład gęstości elektronowej w swojej cząsteczce. W takim przypadku naturalne zasady będą rozpoznawać modyfikacje jak naturalną zasadę nukleinową, z którą mogą wytworzyć wiązania wodorowe a co za tym idzie mogą utworzyć parę komplementarną,

"Missing bases"
Polega to na wprowadzeniu niekompletnego nukleotydu, czyli takiego, który zawiera grupę cukrową powiązaną wiązaniem fosforodiestrowym ze szkieletem cukrowym, lecz nie zawierającym podstawnika w pozycji 1-b- cukru. Modyfikacja ta jest bardzo wygodna gdyż można zastosować taki nukleotyd jako linker do łączenia łańcuchów polinukleotydowych, lub blokować dalsze klonowanie łańcucha,

Proste węglowodory lub heterocykle
Były pierwszymi stosowanymi (badanymi) zasadami ogólnymi. Do takich modyfikacji może należeć np. benzen czy nitro imidazol. Związki tego typu z reguły destabilizują DNA, gdyż są bardzo nieselektywne, a co za tym idzie wywołują silne mutacje,

Związki fluorescencyjne
Są to zasady bardzo użyteczne z punktu widzenia analizy strukturalnej (sekwencyjnej) DNA. Wprowadzenie takiej zasady pozwala na badanie zmodyfikowanego DNA w świetle UV i innych technikach analitycznych. Najczęściej modyfikowana "zasada ogólna" posiada w swojej cząsteczce układ sprzężonych wiązań, czyli tzw. grupy chromoforowe,

Komplementarne zasady ogólne
Dąży się do tego by wprowadzane zasady ogólne mogły parować się ze sobą nawzajem. Pozwala to na większe możliwości modyfikacyje DNA. Dzięki temu wprowadzone zakłócenie może z równym prawdopodobieństwem znaleźć się w łańcuchu DNA jak i RNA,

"Ligandotydy"
Są to tak modyfikowane nukleotydy, aby w miejscu naturalnej zasady zawierały cząsteczkę mogącą koordynować atomy metali, jak np. żelaza. Pozwala to na tzw. architekturę supramolekularną, czyli na selektywne budowanie łańcuchów polinukleotydowych dzięki odpowiedniej stereoselektywności reakcji prowadzonych przy użyciu związków koordynacyjnych. Przykładem może być tutaj naturalna nukleozasada zastąpiona fenylopuryną (analogia do hemoglobiny),

"Zwiększające siłę wiązań wodorowych"
Są to struktury, które podczas tworzenia komplementarnych par zasad wiążą się z naturalnymi zasadami o wiele silniej niż naturalne nukleozasady między sobą. Zasady tego typu stabilizują helisie DNA. Przykładowo benzen wiąże się silniej od trzech z czterech zasad naturalnych (cytozyny, guaniny i tyminy), a naftalen silniej od wszystkich czterech.


Teraz cos o zastosowaniu praktycznym "zasad ogólnych".

Wbrew temu, co można sądzić, że jest to sztuka dla sztuki tak nie jest. Obecnie prowadzi się badania nad zastosowaniem takich modyfikowanych nukleotydów różnego typu terapii, a w szczególności antywirusowej.
Dzięki wprowadzeniu takiej "zasady ogólnej" do DNA w jądrze komórkowym eukarioty możemy wywołać korzystne zmiany mutagenne. Chodzi głównie o to by dane DNA zostało bądź to zablokowane, tzn., aby jego klonowanie nie następowało, lub też by wywoływało (kodowało) nienaturalne białko. Podobnie jest w przypadku wprowadzenia takiej modyfikacji w DNA wirusa. Dzięki temu możemy zablokować jego działanie. Tutaj mamy dwoistą metodykę. Pierwsza opiera się na takim zmutowaniu DNA wirusa, aby nie było możliwości jego klonowania na DNA ludzkie (zwierzęce). Druga to taka, aby dzięki zmianie sekwencji DNA wywołać zakłócenie w syntezie białek.
Dla przykładu. Kapsuła wirusa HIV pokryta jest białkiem (glokoproteina 120), które umożliwia usadowienie się na komórkach leukocytów. Jeśli wprowadzilibyśmy takie zakłócenie, aby DNA wirusa nie potrafiło syntezować takiego białka lub produkowałaby białko o innej strukturze nie mającej powinowactwa do komórek leukocytów, to wirus ten nie mógłby się rozpowszechniać w organizmie, a co za tym idzie obumierałby razem z zainfekowaną komórką.
Poniższy model przedstawai transkrypcję zmutowanego DNA na łańcuch RNA.

Póki, co badania tego typu prowadzone są na poziomie komórkowym i nikt jeszcze nie otrzymał gotowych uniwersalnych "zasad ogólnych" spełniających te wszystkie kryteria i działające w taki właśnie pożądany sposób, lecz badania wciąż trwają i są rozwijane, więc wiele jeszcze przed nami.